Ecossistemas Naturais  Em ambientes preservados, sem interferência humana, é comum encontrar: Grande diversidade de plantas e sistemas radiculares Composição rica e variada de exsudados Alta deposição de matéria orgânica Elevada diversidade e serviços microbiológicos Plantas mantendo relações constantes com os microrganismos em equilíbrio, dos quais dependem para nutrição e saúde.  Agricultura e Monocultivo  Com o tempo: Redução na diversidade de plantas e raízes Produção lim

A composição e o funcionamento do microbioma do solo são determinados por uma combinação de fatores, como oxigênio, água, temperatura, pH, tipo de solo, disponibilidade de nutrientes, além da influência das plantas presentes e da variação no tempo e no espaço. Por isso, cada solo possui um microbioma único, característico da sua região.